В альтернативной версии начала XX века в центре сюжета оказывается юная Сита, обладающая таинственным артефактом — Летающим Камнем. Этот магический объект привлекает внимание не только правительственных агентов, но и алчных воздушных пиратов. Все они стремятся заполучить Камень, ведь он представляет огромную ценность и обладает скрытыми возможностями, которые могут повлиять на баланс сил в мире.

Во время побега от преследователей Сита знакомится с Падзу — мальчиком, работающим в шахтерском городке. Вместе герои отправляются в путешествие, чтобы раскрыть тайну происхождения Летающего Камня. В ходе приключений они узнают о существовании Лапуты — загадочного летающего острова, который может стать как великим открытием, так и источником опасности для всего человечества.